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全(quan)轉錄組測序(xu)
背景介紹
表(biao)觀基(ji)(ji)因組學修飾可(ke)以通過(guo)調控(kong)基(ji)(ji)因表(biao)達，參與細胞(bao)和(he)組織分化、發(fa)(fa)育(yu)、衰(shuai)老、環境適應等一系列過(guo)程。大(da)量的(de)研(yan)究表(biao)明，表(biao)觀遺(yi)傳修飾的(de)異常也會引起細胞(bao)、組織、器官，乃至(zhi)整個機體的(de)結構和(he)功能改(gai)變(bian)，甚(shen)至(zhi)導(dao)致疾病(bing)(bing)的(de)發(fa)(fa)生(sheng)，尤其是 DNA 甲基(ji)(ji)化（DNA methylation）變(bian)化會伴隨著許多(duo)復雜疾病(bing)(bing)（如腫瘤、精神類疾病(bing)(bing)、心血管疾病(bing)(bing)等）的(de)早(zao)期發(fa)(fa)生(sheng)到(dao)后期發(fa)(fa)展，并(bing)可(ke)作為臨床疾病(bing)(bing)全過(guo)程管理(li)（包括早(zao)期診斷(duan)、個性(xing)(xing)化醫療、復發(fa)(fa)檢測、慢性(xing)(xing)疾病(bing)(bing)的(de)風險(xian)評(ping)估等）的(de)生(sheng)物(wu)標(biao)志物(wu)。因此，對DNA甲基(ji)(ji)化的(de)深入(ru)研(yan)究有助于了解疾病(bing)(bing)發(fa)(fa)病(bing)(bing)機制，發(fa)(fa)現疾病(bing)(bing)相關的(de)分子標(biao)志物(wu)，為精準(zhun)醫學發(fa)(fa)展奠定基(ji)(ji)礎。
DNA甲基化與腫瘤風險預(yu)測
產品簡介
全(quan)基(ji)因組甲(jia)基(ji)化(hua)測序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是將重亞(ya)硫酸(suan)鹽(yan)處理方法和 Illumina 高(gao)通量測序平(ping)臺相結合(he)，進行(xing)全(quan)基(ji)因組范圍內的精確(que)甲(jia)基(ji)化(hua)研究。WGBS 可以達到單(dan)堿基(ji)分辨率，精確(que)分析(xi)每(mei)一個胞嘧啶(ding)的甲(jia)基(ji)化(hua)狀態(tai)，從而構建精細的全(quan)基(ji)因組 DNA 甲(jia)基(ji)化(hua)圖譜。
技術路(lu)線(xian)圖
技術原理
提取后(hou)(hou)(hou)的DNA經(jing)(jing)酶切、富(fu)集后(hou)(hou)(hou)，利用重(zhong)(zhong)亞硫酸(suan)(suan)鹽(yan)進行處理，其原理是正常的胞(bao)嘧啶（C）經(jing)(jing)重(zhong)(zhong)亞硫酸(suan)(suan)鹽(yan)處理后(hou)(hou)(hou)會形(xing)成尿嘧啶（U）,在后(hou)(hou)(hou)期PCR時會形(xing)成胸腺嘧啶（T）。而經(jing)(jing)修飾(shi)的C（5mC/5hmC）則不會被重(zhong)(zhong)亞硫酸(suan)(suan)鹽(yan)轉化，在測序時保留為(wei)C。處理后(hou)(hou)(hou)的DNA后(hou)(hou)(hou)續通(tong)過二代測序檢測甲基化位點。
甲基化位點檢測原理(li)
結果展示
相(xiang)關(guan)性(xing)分析(xi)（左）； 甲基化(hua)程(cheng)度熱(re)力圖（中）； 聚(ju)類熱(re)圖（右）
差異位點分布circos（左）； 無監督(du)聚類樹狀圖（中）； 富集(ji)分析氣(qi)泡圖（右）
產品優勢
精準高效
基于(yu)全基因組重亞硫酸鹽(yan)轉化的WGBS法，實現單(dan)堿基分(fen)辨(bian)率(lv)的甲基化位點精準、高效定位。
金標準
精準獲(huo)得(de)全基因組(zu)甲基化的C位點，是甲基化測序的金標準；
快速準確
全面分(fen)析不同處理對全基(ji)因組甲基(ji)化水平的(de)影響，快速準確地找到差異甲基(ji)化區域。
送樣要求
應用方向
應用案例
異常(chang)甲(jia)基(ji)化是(shi)胰(yi)島素瘤中胰(yi)島素基(ji)因表達(da)的基(ji)礎
發表雜志：Nature Communications（IF：14.919）； 發表時間(jian)： 2020年 10月； 應用技術：全(quan)基因組甲(jia)基化測序(xu)
人類胰島素瘤是一種罕見良性緩慢增殖，并產生胰島素的β細胞腫瘤，為研究者理解人類β細胞再生的途徑提供了分子“路線圖”。此前研究發現，β細胞體積增大和功能紊亂疾病——先天性高胰島素血癥，在11號染色體p15.5-p15.4印記區存在異常的甲基化。本文中，研究者比較了19個人類胰島素瘤和5組正常β細胞，通過甲基化測序分析，在瘤內發現了一致很高的異常甲基化模式。結果表明，異常的胰島素（INS）啟動子甲基化和轉錄因子表達的產生INS表達的另一種驅動因素， 用病理的、基于遠端增強子的轉錄調控形式取代了典型的PDX1 驅動的β細胞模式，推測由轉錄因子NFaT驅動INS失活， 而不是典型的PDX1 增強子復合物。
啟(qi)動子DNA甲(jia)基(ji)化對基(ji)因表達的影響
