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16S/18S/ITS rDNA擴(kuo)增子測(ce)序
背景介紹
微(wei)生物(wu)(wu)組是指存在于特定環境(jing)中所有(you)微(wei)生物(wu)(wu)種類及其遺(yi)傳信息(xi)和功能的(de)集合(he)，微(wei)生物(wu)(wu)組被稱為“人體(ti)第二基因組”。特別是腸道菌(jun)群(qun)對宿(su)主(zhu)很多重(zhong)要(yao)生理(li)功能的(de)維護和發(fa)揮(hui)起著非(fei)常(chang)重(zhong)要(yao)的(de)作用(yong)，這些菌(jun)群(qun)微(wei)生物(wu)(wu)與(yu)人體(ti)健康息(xi)息(xi)相關，對人體(ti)營養物(wu)(wu)質代謝、人體(ti)自身發(fa)育、免疫及疾病(bing)的(de)產生等方面都起到極其重(zhong)要(yao)的(de)作用(yong)。現有(you)的(de)研究表明，健康人的(de)腸道細菌(jun)與(yu)某(mou)些疾病(bing)患者顯(xian)著不同，腸道微(wei)生物(wu)(wu)與(yu)多種疾病(bing)發(fa)病(bing)直接(jie)相關，比(bi)如癌癥、心血管疾病(bing)、神經(jing)性疾病(bing)等。
微生物與人體健(jian)康(kang)息息相關(guan)
產品簡介
以高通量測(ce)序(xu)為(wei)基(ji)本手(shou)段的(de)擴增(zeng)子檢測(ce)技術，為(wei)微生物組學研究的(de)快速發展起到了(le)極大的(de)推動作用(yong)，為(wei)與微生物相關的(de)疾病研究提供了(le)有效的(de)解決方案。利用(yong)此技術可以一次性完(wan)成多個樣本的(de)平(ping)行測(ce)序(xu)，對微生物的(de)物種組成、種群結構、進(jin)(jin)化關系(xi)、功能基(ji)因(yin)組、差異基(ji)因(yin)等進(jin)(jin)行分析(xi)。
技術流程
細菌(jun)(jun) 16S rDNA 全(quan)長(chang)(chang)約 1540bp，包含(han) 10 個(ge)保守(shou)區(qu)和(he) 9 個(ge)高(gao)變區(qu) (V1-V9)，其(qi)(qi)中(zhong)(zhong)保守(shou)區(qu)在細菌(jun)(jun)間差別不大，高(gao)變區(qu)具(ju)有高(gao)度特異性，因此可(ke)通(tong)過(guo)對 16S rDNA 全(quan)長(chang)(chang)區(qu)域或某(mou)些高(gao)變區(qu)域進行(xing)測序(xu)來分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)細菌(jun)(jun)群落多(duo)樣性，其(qi)(qi)中(zhong)(zhong)基(ji)于 16S rDNA 全(quan)長(chang)(chang)序(xu)列的(de)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)能(neng)鑒定種(zhong)水平，分(fen)(fen)(fen)類和(he)定量也更準確。分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)服務平臺分(fen)(fen)(fen)為兩大部分(fen)(fen)(fen)：基(ji)本分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)和(he)模塊分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)。其(qi)(qi)中(zhong)(zhong)模塊分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)可(ke)根據需求對要研究的(de)樣品分(fen)(fen)(fen)組，進行(xing)物(wu)種(zhong)組成分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)、alpha 多(duo)樣性分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)、beta 多(duo)樣性分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)和(he)差異分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)(xi)。
16S rDNA 區段及(ji)全長測序分析流程
結果展示
OTU花瓣圖（左(zuo)1）； GraPhlAn進化樹（左(zuo)2）； 物(wu)種(zhong)組成分析柱狀圖（右1）； 物(wu)種(zhong)/功能聚(ju)類熱(re)圖（右2）
Krona物(wu)種組成展示（左(zuo)(zuo)1）； 基(ji)于物(wu)種的樣品聚(ju)類樹（左(zuo)(zuo)2）； LEfSe分析進化分枝圖（右(you)(you)1）； PCA/PCoA聚(ju)類圖（右(you)(you)2）
屬水平(ping)RDA分析（左(zuo)(zuo)1）； 功能基因(yin)數目統計示(shi)意圖（左(zuo)(zuo)2）； 代謝通路示(shi)意圖（右1）； 網絡(luo)互(hu)作圖（右2）
送樣要求
應用方向
應用案例
微(wei)生(sheng)物標(biao)志物的結直腸癌早診早篩研究
Identification of microbial markers acrosspopulations in early detection of colorectal cancer
發表雜(za)志：Nature Communications（IF: 14.919） ； 發表時(shi)間： 2021年 5月； 應(ying)用技(ji)術(shu)： 16S rDNA擴(kuo)增子測(ce)序(xu)
腸(chang)道微生物(wu)(wu)(wu)群(qun)與(yu)結(jie)直(zhi)腸(chang)癌(ai)（CRC） 之間的(de)(de)(de)(de)關(guan)系已被(bei)廣泛(fan)研(yan)究。然而在(zai)多個(ge)人群(qun)中(zhong)用于早(zao)期腺瘤診(zhen)斷的(de)(de)(de)(de)可(ke)復制標記(ji)物(wu)(wu)(wu)仍然是未(wei)知的(de)(de)(de)(de)。該研(yan)究對1,056份糞便(bian)樣本進行了(le)綜合分(fen)析，以確定腺瘤相關(guan)的(de)(de)(de)(de)微生物(wu)(wu)(wu)標志物(wu)(wu)(wu)，用于早(zao)期檢測(ce)結(jie)直(zhi)腸(chang)癌(ai)。構(gou)建(jian)了(le)隨(sui)機森(sen)林分(fen)類器(qi)，由11個(ge)區分(fen)腺瘤與(yu)對照的(de)(de)(de)(de)標記(ji)物(wu)(wu)(wu)（ROC曲(qu)線下(xia)面積(ji)（AUC）=0.80） 和(he)26個(ge)區分(fen)腺瘤與(yu)CRC的(de)(de)(de)(de)標記(ji)物(wu)(wu)(wu)（AUC=0.89） 組(zu)成。此外，在(zai)兩(liang)個(ge)獨立(li)隊列中(zhong)驗證了(le)分(fen)類器(qi)的(de)(de)(de)(de)AUC分(fen)別為0.78和(he)0.84。從而證明(ming)腺瘤特異性標志物(wu)(wu)(wu)在(zai)多人群(qun)中(zhong)的(de)(de)(de)(de)有(you)效性，有(you)助于CRC的(de)(de)(de)(de)早(zao)期診(zhen)斷和(he)治療(liao)。
對照、腺(xian)瘤以(yi)及癌癥組不同菌群多(duo)樣（左(zuo)）； 利用(yong)Biomarker區分腺(xian)瘤與對照或癌癥（右）
